A键 交谈、开启宝箱
B键 施放魔法
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游戏开始后，进入破斧酒吧(Leaky Cauldron)，首先遇到魔法部长Cornelius Fudge，哈利向他询问天狼星Black的事情，但他似乎对此并不感兴趣，只是要带哈利去他的房间。谈话结束后可以自由活动，可趁机熟悉一下操作，在右方的宝箱中还可以得到1张卡片。进入右下角的楼道内，在尽头再一次遇到Fudge部长，他又送给哈利3张卡片。进入自己的房间后，发现床上摆着Hagrid送来的生日礼物，哈利打开后发现是一本怪兽之书，并且这本书变成怪兽向哈利发动袭击。这是第一场战斗，还是以熟悉操作为主。战斗胜利后，获得一件衣服，在主菜单的第一个选项中可以装备。之后返回主大厅，遇到Weasley夫妇及他们的儿子Ron，在交谈中，哈利得知Ron的老鼠宠物Scabbers气色不太好，需要鼠克补(Rat Tonic)来补充营养，于是自告奋勇去向旅馆主人Tom要鼠克补。但Tom说它在地窖之中，哈利只得通过左方的楼梯进入地窖探险。

刚进入地窖就发现有一道壕沟挡住去路，按照系统提示，靠近壕沟使用Lumos魔法，即可看到隐藏的通道。继续前进，会发现两个木桶挡路，施放Flipendo魔法可以将它们打碎。在路上有很多鬼火样的敌人，如果已经在之前的战斗中探查过敌人，则他们会显现出本来面目。通过是否为鬼火样，就可以判断该敌人是否被探查过，对于图鉴的收集很是方便。来到楼梯处，发现无路可走，这时只要对着下方那块突起的石柱使用Flipendo魔法，就可以将路连接起来。继续前进，又来到一片漆黑的通道，按照系统提示用Lumos魔法照亮吧。在尽头处，终于发现了装鼠克补的瓶子，可是已经被一只老鼠吃了很多，并且那只老鼠还因此而巨大化。战胜它后，推动前方的石柱，哈利就可以带着剩余的鼠克补返回大厅。在大厅前恰好听到Weasley夫妇在谈论Black的事情，似乎他要杀掉哈利，Weasley告诫哈利不要去寻找Black，但哈利似乎另有打算。将鼠克补交给Ron后，Hermione来访，并带来一只宠物猫Crookshanks。结果可想而知了，Ron的宠物鼠Scabbers拔腿就跑，Crookshanks也紧追不放，双双跑入地窖(- -)。Ron和Hermione都急于寻找自己的宠物，哈利面临着选择谁加入队伍的问题。两个人由于拥有不同的魔法技能，因此进入的区域并不相同。如果是选择Hermione的话，可以用Reparo魔法修复毁坏的楼梯；如果是选择Ron的话，则可以用Alohomora魔法开锁。总之不管用谁，最后当然都是殊路同归，Hermione和Ron也正式加入队伍。之后一行人离开破斧酒吧，搭乘上霍格华兹快车(Hogwarts Express)。
众人为了找座位而到处闲逛，但发现只有最左面的一个包厢里有空位子，里面有一名正在打磕睡的男子，从Hermione的口中得知，原来他是教导黑魔法防御术的新教授R.J.Lupin。这时列车突然停了下来，哈利刚想找人问个究竟，Neville来到包厢门口，拜托哈利他们找到他的宠物蟾蜍Trevor，并说有人看见它在行李车(baggage car)中出现过。众人来到行李车，果然发现了蟾蜍，正要把它抓住还给Neville时，窗外突然有一个神秘的黑影闪过，同时窗户破裂，哈利也莫名其妙的倒在地上。当黑衣人破门而入时，Lupin教授及时赶到，黑衣人也随即离去。从Lupin教授口中得知，原来那个黑衣人是阿兹卡班的狱卒(Dementor)，并且不知什么原因导致哈利崩溃。他希望Ron能够找到一些巧克力(Chocolate)来医治哈利，并希望Hermione能找到列车长使火车再次启动(直到现在，我才从称呼中发现，原来她是女的- -)。这时又一次进入人物选择页。无论选择谁，都要走一个来回，哈利获救后，列车也到达目的地活米村(Hogsmeade)。


刚进入Great Hall就遇到Malfoy等人的挑衅，但哈利并没有理睬他们，只是要找葛来芬多休息室(Gryffindor common room)。真是不找不知道，一找吓一跳，这里可真是巨大啊，整个一个大迷宫，第一次来准保转得晕头转向。比较值得一提的是以下几个地点：大厅右侧的肖像屋(Portrait Room)，里面的壁画有捷径，如果记住哪幅画代表哪个楼层的话，可以直接到达目的地；第4层楼上方的医院，在那里可以回复HP和SP；第5层楼左侧的巫师卡片收集俱乐部，在那里可以用卡片来交换好的装备。第7层楼右侧的商店，在那里可以购买各种道具和装备。在一位同学那里打听到葛来芬多休息室在第七层楼，于是从右上角的Grand Staircase处开始爬楼梯，一直爬到7楼(当然，也可以从肖像屋右下角那幅红色壁画的隐藏通道中到达)。进入7楼后，来到左下角，会自动通过白色的壁画而进入葛来芬多休息室。经过一番冗长的说教，又到了上变形学(Transfiguration)的时间。变形学教室在1楼的左上角，教授的课程是化兽法(Animagi)，也就是魔法师可以通过魔法将自己变成动物，教授将自己变成了一只猫，并要求哈利和Hermione找到藏身在迷宫中的自己。迷宫中的木门要靠柱子压住机关才能开启，而如果移动柱子错误，还可以用Flipendo魔法击打墙上红色的按键来使柱子复原。在迷宫尽头遇到Crabbe和Goyle的阻挠，击败他们后，在机关阵中找到了教授，顺利通过考验后，3个人都习得了新魔法Petrificus Totalus。